A gestão eficiente de qualquer formato de negócio é o pilar fundamental para que qualquer projeto consiga ter um bom desenvolvimento.
Empreendedores de negócios rurais enfrentam várias dificuldades diante do desafio de gerir um empreendimento ou empresa deste setor. O primeiro passo é iniciar um planejamento do negócio, levantando os principais pontos que podem ser considerados os desafios com maior destaque ou problemas para a gestão.
Estradas de difícil acesso, alagamentos por longos períodos (na cheia do Pantanal, por exemplo), são alguns fatores que podem comprometer a viabilidade do seu negócio, principalmente no ramo do turismo.
É preciso levantar os custos para a manutenção de estradas vicinais, parceiros que possam oferecer voos privados para a propriedade rural, para transporte de pessoas e eventual abastecimento de mantimentos.
A infraestrutura para os funcionários também deve ser um fator importante nessa equação: acesso água potável, energia elétrica e conforto, como a criação de mini cidades, com construção de casas, hospital e escola. Como no caso de pousadas no Pantanal que enfrentam dificuldades como infraestrutura e, em alguns casos, o difícil acesso ao local.
Como a outra dificuldade comum é a escassez de mão-de-obra qualificada, devido a distância do local de trabalho que normalmente é longe da cidade, encontrar funcionários dispostos a pegar estrada todos os dias é muito difícil.
É preciso criar condições para atrair pessoal qualificado, a Fazenda Caiman, localizada no Pantanal, adotou a medida de construir uma pequena vila em volta de sua pousada para os seus colaboradores, assim disponibilizando casas e suporte para as famílias de cada um, neste caso, foi uma solução encontrada para solucionar este problema.
Criar um modelo de negócios, avaliar as finanças, criar uma forte rede de parceiros audarão o negócio a estar preparado para encontrar soluções viáveis para contornar os desafios e a transformá-los em oportunidades. A gestão eficiente das pousadas no MS  permitiu que esses negócios prosperassem mesmo em tempos de crise, graças a estrutura criada inicialmente por meio do planejamento para as possíveis dificuldade do local. Assim, esses estabelecimentos conseguiram se tornar pontos atrativos e com infraestrutura de qualidade, fomentando o turismo no Pantanal.